寧波市科協機關下設辦公室、宣傳調研部、科學技術創新服務部（人才工作處）、科學技術普及部4個部室，直屬事業單位2個，分別是寧波市科創發展服務中心（寧波市院士服務中心）、寧波市科學技術傳播教育中心（寧波市青少年科技中心）。
1.辦公室工作職責
負責市科協工作規劃、年度工作計劃編制和綜合性材料等重要文稿的起草和審核。負責市科協重要會議活動的組織協調和日常工作的督促落實。負責市科協委員、常委和市政協科協界別的聯絡服務工作。負責公文處理、文書檔案、機要保密、信息化建設、行政后勤、計劃財務、公務接待、綜治信訪等工作。負責機關和所屬事業單位組織人事、勞動工資、離退休人員服務管理等工作。
2.宣傳調研部工作職責：
負責科技工作者聯系服務，牽頭開展全市科技工作者狀況調查和優秀科技工作者舉薦表彰工作，組織科技工作者參與地方性科技政策、法規的研究制定和決策咨詢、參政議政、建言獻策等活動。負責牽頭開展事關科協事業發展重大問題和重要課題的調查研究。負責市科協新聞宣傳工作，對主管刊物、網站、微信公眾號等宣傳陣地進行維護管理。負責牽頭開展科學家精神弘揚，宣傳優秀科技工作者，培育科學文化。負責聯系區（縣、市）和市級功能園區科協，指導鄉鎮（街道）、村（社區）基層科協組織建設。
3.科學技術創新服務部（人才工作處）工作職責：
負責全市科協系統科技創新服務體系建設，牽頭開展相關科技創新服務平臺的建設管理，引入國內外高端人才智力資源，開展科技創新服務工作。負責市級學會（協會、研究會）和市屬企業、高校、科研院所、新型研發機構科協的管理、指導和服務工作，對區（縣、市）級學會進行業務指導。動員所屬學會（協會、研究會）和市屬高校、科研院所、新型研發機構科協發揮科技智力資源優勢，組織科技人才開展學術交流、科技協作、技術推廣、成果轉化等活動，為科技創新和經濟社會發展服務。負責綜合性學術交流活動的組織協調，開展國內外學術交流與合作，組織市級自然科學優秀學術論文評選工作。配合做好科技工作者的繼續教育和全市性學會學術期刊的管理工作。
4.科學技術普及部工作職責：
履行全民科學素質行動牽頭職責，協助制定科普事業發展規劃和年度工作計劃。指導全市科協系統科技場館、科普設施、科普資源和科普隊伍的規劃、建設與管理工作。組織協調有關部門、企事業單位、社會組織和科技工作者開展群眾性、社會性、經常性科學普及工作，牽頭開展全國科普日等重大科普活動。牽頭組織科技志愿服務活動。負責全市科普相關專業中級專業技術職務任職資格評審及高級專業技術職務任職資格推薦工作。
（二）直屬事業單位
1.寧波市科創發展服務中心（寧波市院士服務中心）工作職責：
開展院士專家庫建設；組織院士等科技工作者為企事業單位科技創新提供服務，組織開展學術交流，推動科技成果轉化；開展院士專家引進和聯絡服務工作，開展院士文化宣傳，參與院士工作站等平臺的申報落地和日常服務管理；開展海外智力引進和國際民間科技交流合作。
2.寧波市科學技術傳播教育中心（寧波市青少年科技中心）工作職責：
負責各類科普平臺、載體的建設與維護，開展全媒體科普資源的開發與傳播；開展具有示范性、導向性的全民科技教育、科技競賽等活動，加強青少年科技創新后備人才的教育、培養、選拔；負責為市科協數字化建設、系統維護和網絡安全等工作提供技術支撐服務。